硬纤维瘤,又称为侵袭性纤维瘤病,是一种局部侵袭性肿瘤。虽然该肿瘤不具备转移特性,但其复发率较高,严重影响患者的生活质量。目前,针对硬纤维瘤的分子研究尚显不足,这限制了有效的治疗选择。我们的研究旨在开发新的硬纤维瘤预后标志物,并验证已有文献中所报道的相关标志物,同时透彻探讨硬纤维瘤在基因组、表观基因组和转录组层面的分子异质性,以为精准治疗提供理论支持。
研究方法
我们对20例原发性硬纤维瘤的31个样本进行了RNA测序分析,发现有14个基因在复发患者与未复发患者之间存在明显的表达差异。然而,这些基因在不同患者及同一肿瘤的不同区域内表达高度变异。我们的研究还验证了此前两项研究中的预后基因表达特征,结果显示这些基因在不同患者及同一肿瘤内的表达存在显著的异质性。
结果展示
例如,Salas研究中提到的36个基因特征中,仅有FECH基因在复发和未复发肿瘤中表现出显著的差异性表达,但与原研究结果相反;Kohsaka研究中的IFI6和LGMN基因在本研究中未显示与复发相关的表达差异,并且在同一肿瘤中的表达也存在异质性。通过免疫组化(IHC)在蛋白质水平验证了这些标志物的可变表达,但与局部复发并没有明显关联,进一步证明了基于基因表达特征的预后分类可能受到取样区域的影响。
系统发育分析
我们对患者的样本进行系统发育分析,发现原发性肿瘤存在三个不同的亚克隆,而复发性肿瘤则有两个新的亚克隆,这表明肿瘤在发展过程中发生了分子进化。与此同时,复发性肿瘤共享PTP4A1基因突变,其RNA表达低于原发性肿瘤的野生型区域。尽管原发性和复发性肿瘤的DNA拷贝数变化较少,但DNA甲基化和转录组谱显示出明显差异,其中原发性肿瘤一个区域具有独特的转录组特征,富集与线粒体氧化磷酸化途径相关的基因,部分基因的表达与甲基化存在负相关关系。
总结
本研究首次全面揭示了硬纤维瘤在基因组、表观基因组和转录组水平的高度瘤内和瘤间异质性,表明基于单一肿瘤活检的分子分析可能低估了硬纤维瘤的分子变化。此外,复发性硬纤维瘤获得了原发性肿瘤中不存在的多种分子改变,这为药物开发和生物标志物验证提供了重要的依据。作为生物医疗领域的领导者,南宫28NG相信品牌力量,将持续推动多组学服务平台的建设,致力于为医疗行业提供高水平的技术支持和创新解决方案。